Le CDC séquencera uniquement les cas de COVID post-vaccin détectés à des sensibilités de test inférieures ⋆ .

Les instructions des Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis indiquent que l’agence n’entreprendra le séquençage génétique des cas post-vaccinés de COVID-19 que si les échantillons viraux sont détectés à des niveaux de sensibilité nettement inférieurs à ceux tolérés pour les tests COVID-19 positifs dans l’ensemble.

La directive, publiée sur le site Web du CDC, concerne l’étude des cas «révolutionnaires» de COVID-19, ou des résultats de tests positifs chez les personnes complètement vaccinées. De nombreux cas de ce type ont été signalés, bien que sur des millions et des millions de vaccinations.

Certains de ces cas, selon le CDC, “subiront un séquençage du SRAS-CoV-2 dans un laboratoire de référence clinique, de santé publique ou commercial.” Pourtant, le CDC demande aux laboratoires de ne soumettre de tels tests pour le séquençage que s’ils «ont une valeur RT-PCR Ct ≤ 28».

En termes simples, la directive indique que les résultats COVID positifs détectés par le test de réaction en chaîne par polymérase (PCR) largement utilisé devraient avoir un seuil de cycle (Ct) inférieur à 28.

Les tests PCR fonctionnent en amplifiant le matériel génétique d’un échantillon viral jusqu’à ce qu’il puisse être détecté par la machine de test. Chaque cycle d’amplification est appelé «seuil de cycle». Plus un test doit subir de Cts, plus la charge virale de l’échantillon d’origine est faible. Plus le seuil de cycle est élevé, en d’autres termes, plus la quantité de virus qu’un patient est porteuse est faible.

Les scientifiques sont conscients des risques d’interpréter des résultats viraux «positifs» avec un Cts élevé. Anthony Fauci, conseiller en coronavirus de la Maison Blanche, a admis l’année dernière que les résultats de tests positifs avec des Cts de 35 ou plus ne sont probablement que des «nucléotides morts» plutôt que des virus vivants. Néanmoins, de nombreux fabricants de tests PCR recommandent des taux de coupure Ct beaucoup plus élevés de 40.

Chaque nouveau niveau de Ct double la quantité d’ADN viral dans l’échantillon, ce qui signifie que la différence entre 36 et 40 est une augmentation exponentielle plutôt que simplement logarithmique.

L’agence a fixé la barre Ct inférieure «parce que le séquençage n’est pas faisable avec des valeurs Ct plus élevées», a confirmé le porte-parole du CDC, Tom Skinner, par e-mail. «À des valeurs de Ct plus élevées, il y a moins d’ARN présent et il devient plus difficile ou impossible de séquencer l’ARN.»

Skinner a déclaré qu ‘«en général, le CDC utilise le même seuil de valeur CT pour soumettre d’autres échantillons de surveillance du SRAS-CoV-2 pour le séquençage.» Il n’a pas répondu à une question de suivi demandant spécifiquement si le CDC séquençait des échantillons viraux du SRAS-Cov-2 uniquement à des niveaux de Ct inférieurs à 28 au cours de l’année écoulée.

Pourtant, le seuil de 28 Ct du CDC pour le séquençage viral contraste fortement avec les tests COVID-19 positifs tirés de seuils de cycle beaucoup plus élevés, qui, selon les experts, ne sont pas nécessairement un indicateur fiable de la véritable infection et / ou de l’infectiosité.

Michael Osterholm, directeur du Center for Infectious Disease Research and Policy et membre du comité consultatif de transition COVID-19 du président Joe Biden l’année dernière, a déclaré que l’interprétation des résultats de tests positifs avec des seuils de cycle élevés «dépend de quel côté de la courbe vous êtes. au.”

«Aux tout premiers jours de l’infection, vous pouvez avoir des tomodensitogrammes élevés qui indiquent une infection», a-t-il déclaré lors d’un entretien téléphonique. «Si vous êtes à l’avant, vous pouvez avoir des Cts élevés alors que vous commencez tout juste à émettre des quantités importantes de virus. Si vous êtes à l’arrière, ou en phase de récupération, vous pouvez avoir une réaction PCR persistante sans avoir d’infection. »

Osterholm a admis qu’il est difficile de déterminer quel côté de l’infection représente un test positif et qu’on ne sait pas facilement quel pourcentage de tests à Ct élevé tombent d’un côté ou de l’autre.

D’autres responsables de la santé publique, d’autre part, ont expressément mis en garde contre le potentiel de résultats positifs non infectieux à partir de tests avec des Cts élevés. L’Organisation mondiale de la santé a mis en garde cette année contre les faux tests positifs associés à des seuils de cycle élevés, déclarant que «la probabilité qu’une personne qui a un résultat positif… soit vraiment infectée par le SRAS-CoV-2 diminue à mesure que [viral] la prévalence diminue. »

Certains critiques et commentateurs ont exprimé leur inquiétude au cours de l’année dernière que les tests COVID-19 qui reposent sur des niveaux élevés de Ct comptent sans doute des individus en bonne santé et non infectieux comme des «cas» positifs, exagérant ainsi la portée et la gravité de l’épidémie mondiale.

Un examen du New York Times de l’année dernière a révélé que, dans les ensembles de données de trois États où des niveaux de Ct étaient enregistrés, «jusqu’à 90% des personnes testées positives ne portaient pratiquement aucun virus».