Numéros de combinaison pour ouvrir le verrouillage de Covid

C’est pourquoi les autorités indiennes ont récemment recommandé qu’une proportion plus élevée de RAT soit désormais employée dans tout le pays, par rapport à la RT-PCR.

Personne n’aime un verrouillage. Pas ceux qui les préconisent, les imposent, les mettent en œuvre ou les subissent. Pourtant, les verrouillages sont devenus essentiels, voire inévitables, lorsque les taux de transmission montent en flèche et que les hôpitaux sont submergés par un déluge de patients désespérés. Une fois mis en œuvre, quels sont les indicateurs que nous devons suivre pour nous donner le signal qu’il est sécuritaire de déverrouiller?

Les trackers que les pays ont utilisés ont varié au fil du temps. L’année dernière, le Royaume-Uni et plusieurs pays européens ont utilisé une baisse régulière du nombre de décès quotidiens pour décider du moment de l’ouverture. Cette année, le Royaume-Uni a utilisé les taux d’admission à l’hôpital et le nombre d’infections pour guider les décisions sur le moment et l’étendue du déverrouillage. La pression sur le système hospitalier est désormais le principal indicateur.

Un indicateur qui a été largement discuté, dans le contexte indien, est le taux de positivité au test (TPR). Cela indique la proportion de tests de détection virale qui sont signalés comme positifs pendant une période de temps définie. L’Organisation mondiale de la santé a fourni une ligne directrice de TPR inférieure à 5% comme indicateur de tests adéquats dans n’importe quel pays. Les décideurs politiques indiens ont fixé de manière variable des seuils TPR de 10% ou 15% pour imposer un verrouillage dans les districts de «haute intensité».

Cependant, un avis scientifique du Centre de ressources Corona de l’Université Johns Hopkins déclare sans équivoque: «Il est important de noter que le test de positivité est une mesure de la capacité de test et bien qu’il puisse fournir un contexte important sur les totaux de cas et les tendances, ce n’est PAS un mesure de la prévalence du virus dans les communautés. Les décisions politiques, comme les ouvertures et les fermetures ou les voyages interétatiques, ne doivent pas être déterminées sur la seule base du test de positivité »(mis en évidence comme dans l’original).

Plusieurs raisons méthodologiques expliquent pourquoi les taux de positivité des tests doivent être considérés comme vulnérables aux inexactitudes dans l’estimation du nombre de personnes actuellement infectées. L’article de Hopkins souligne qu’il existe quatre méthodes différentes d’estimation du TPR, selon la façon dont nous définissons le numérateur et le dénominateur. Chacun d’eux donne un résultat différent. Comptons-nous le nombre de tests positifs ou de personnes positives dans le numérateur? Que faisons-nous des personnes qui ont été testées à plusieurs reprises pendant une courte période? Ce ne sont là que quelques-unes des questions qui expliquent la variabilité des résultats.

Les tests ont également tendance à sous-estimer les cas infectés, car des résultats faussement négatifs sont associés à chaque méthode de test. Le test RT-PCR, qui détecte la réplication de l’acide nucléique viral, est traditionnellement considéré comme l’étalon-or. L’autorisation d’utilisation d’urgence (EUA) délivrée par la Food and Drugs Administration Agency (FDA) des États-Unis à la Laboratory Corporation of America (Labcorp) pour les tests RT-PCR afin de détecter le virus SARS-CoV-2, déclare: «Les résultats négatifs ne n’empêche pas l’infection par le SRAS-CoV-2 et ne doit pas être utilisé comme seule base pour les décisions de prise en charge des patients. Les résultats négatifs doivent être associés aux observations cliniques, aux antécédents du patient et aux informations épidémiologiques. »

Cette sagesse n’est pas nouvelle. Labcorp l’a clairement indiqué il y a plus d’un an en 2020. Pourtant, nous avons jusqu’à récemment insisté sur un résultat de test positif comme condition préalable à l’admission d’un patient symptomatique à l’hôpital. Des sections des médias spéculent que les résultats de tests faux négatifs sont une caractéristique unique des variantes récentes au cours de la deuxième vague. Nous savons que la RT-PCR est moins susceptible de détecter le virus au début ou à la fin de l’infection lorsque le virus ne se réplique pas en grand nombre. D’autres facteurs qui affectent le résultat du test sont la capacité des techniciens à prélever un bon échantillon sur un écouvillon nasal ou de gorge, à le transporter correctement au laboratoire et à le stocker en toute sécurité avant le test. Avec toutes ces contraintes, un seul test RT-PCR délivre généralement avec une sensibilité de 60 à 70%. Cela signifie qu’il peut manquer 30 à 40% des cas infectés. Il est suggéré que des tests répétés, pendant la période d’infection clinique, peuvent améliorer la sensibilité en ayant plus d’essais pour capturer un virus se répliquant activement. Malheureusement, il peut également y avoir des tests faussement positifs, en raison de fragments d’acide nucléique de «virus morts» qui peuvent être détectés même en l’absence d’infection active.

Cependant, les tests RT-PCR prennent du temps et ne donnent pas de résultats pendant plusieurs heures. Lorsque le nombre d’échantillons augmente et s’accumule, le délai de traitement et de rapport peut atteindre plusieurs jours. Cela retarde la prise de décision. Ainsi, les tests rapides d’antigène (RAT) ont été préconisés à la place. Ceux-ci détectent les antigènes protéiques du virus, plutôt que l’acide nucléique. Le temps de traitement est court et les résultats peuvent être livrés en 30 minutes. Cela a conduit à une préférence pour la RAT comme test de dépistage en cas de forte augmentation des cas suspects. C’est pourquoi les autorités indiennes ont récemment recommandé qu’une proportion plus élevée de RAT soit désormais employée dans tout le pays, par rapport à la RT-PCR.

Le RAT présente l’inconvénient d’une sensibilité encore plus faible que la RT-PCR. Par rapport à cet «étalon-or», le RAT aurait des valeurs de sensibilité de l’ordre de 50 à 80%. Si nous supposons que la RT-PCR a une sensibilité de 70% dans un test unique et que la RAT a une sensibilité de 70% par rapport à la RT-PCR, nous manquerons la moitié des cas infectés en fonction d’un seul résultat RAT. Cependant, les partisans de la RAT soutiennent que le test est plus facile à répéter deux ou trois fois en une semaine pour réduire le nombre de cas manqués. Pouvons-nous vraiment faire ça, pendant une poussée? En milieu hospitalier peut-être, mais moins probable en milieu communautaire.

Le nombre de tests effectués quotidiennement peut également varier d’une semaine à l’autre. Si, au départ, moins de tests sont effectués et que, plus tard, les nombres augmentent considérablement, cela peut signifier que les critères pour décider des personnes à tester peuvent avoir été assouplis. Auparavant, seules les personnes considérées comme présentant une forte probabilité d’infection peuvent avoir été testées, tandis que les tests peuvent avoir été ultérieurement étendus pour inclure également les personnes à faible probabilité. Cela est particulièrement probable avec les tests «à la demande». Les taux de positivité des tests chuteront dans de tels cas, même si la trajectoire de l’épidémie n’a pas changé. Si le passage de la RT-PCR à la RAT réduit le taux de positivité du test au moins d’un tiers et que l’utilisation libérale du test chez les individus à faible probabilité réduit le taux de positivité du test d’un quart ou plus, l’impact combiné sur le taux de positivité du test peut être substantiel. et trompeur.

Le TPR est un index utile, mais ne peut pas être le seul outil de suivi. Notez les mises en garde contre «seul» et «unique» dans les documents Johns Hopkins et FDA. Le TPR doit être complété par d’autres types de données et leurs tendances temporelles. Ces indicateurs doivent inclure les moyennes hebdomadaires mobiles des nouvelles admissions à l’hôpital de cas testés positifs et cliniquement hautement probables (admissions globales et ceux nécessitant des soins intensifs), les nouveaux décès de cas de Covid diagnostiqués ou hautement probables. Il sera difficile de suivre les personnes bénéficiant de soins à domicile. Cependant, les décès hors de l’hôpital doivent être soumis à une autopsie verbale rapide basée sur les symptômes des préposés.

Ces indicateurs supplémentaires ne sont pas faciles à collecter et chacun comporte ses propres incertitudes et inexactitudes. L’année dernière, j’ai estimé que le rapport bruit / signal, en termes d’erreurs variables d’estimation, était moins élevé pour les décès Covid que pour le nombre de cas qui étaient vulnérables à des changements fréquents de nombres de tests, de méthodes et de critères d’éligibilité obligatoires ou facultatifs. . Cependant, le grand nombre de décès non classés hors de l’hôpital survenus cette année augmente l’incertitude de l’estimation de l’erreur dans les décès Covid.

Nous devrons donc utiliser une combinaison de plusieurs tendances pour prendre des décisions sur le moment et la quantité d’ouverture ou de déverrouillage par étapes. Le taux de croissance de la moyenne hebdomadaire du nombre de nouvelles personnes testées positives (plutôt que des tests positifs en tant que fraction de tous les tests effectués, une ou plusieurs fois dans les cas nouveaux et anciens) doit être un indicateur. La moyenne hebdomadaire mobile des décès diagnostiqués ou hautement suspectés Covid (certification médicale et autopsie verbale) doit en être une autre. Les admissions à l’hôpital (en particulier celles nécessitant de l’oxygène ou une ventilation mécanique selon les critères standard) doivent être un autre indicateur.

Bien que chacun d’entre eux ne produise pas d’estimations précises de la réalité, ils indiqueront la tendance de l’épidémie s’ils évoluent tous dans la même direction. Cela apportera une plus grande confiance que de compter uniquement sur le TPR. Il est préférable d’utiliser les numéros d’une serrure à combinaison pour ouvrir plutôt que de compter sur une seule clé rouillée.

L’auteur, cardiologue et épidémiologiste, est président de la Public Health Foundation of India (PHFI)
Les opinions sont personnelles

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