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Pourquoi est-il si difficile de savoir si les nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 sont plus contagieuses?

Le co-auteur de l’article travaillant au laboratoire. @JoseMJG_, auteur fourni Le variant du SRAS-CoV-2 identifié au Royaume-Uni (B.1.1.7) a été identifié pour la première fois dans un virus isolé d’un patient le 20 septembre 2020, mais n’a initialement soulevé aucun soupçon. À la mi-novembre, il était déjà présent dans 26% des cas. Dans la semaine du 9 décembre, dans 60% des échantillons de patients séquencés à Londres. Aujourd’hui, il est dominant dans le pays et présent dans 70 autres. Fin 2020, le South African Genomic Surveillance Network a identifié la variante 501Y.V2. Il semble qu’il puisse mieux se propager entre les personnes par rapport aux autres, et il peut également être en mesure d’éluder partiellement les anticorps générés par une infection antérieure ou le vaccin. Aujourd’hui, il est présent dans plus de 40 pays. En janvier 2021, la variante P.1 a été identifiée pour la première fois chez des voyageurs en provenance du Brésil arrivant au Japon. Cela a des mutations qui, comme ce qui se passe avec celle identifiée en Afrique du Sud, pourraient affecter la capacité des anticorps générés, soit par infection naturelle, soit par vaccination, à reconnaître et neutraliser le virus. Ces données sont inquiétantes et laissent penser que ces variantes peuvent avoir un effet important sur la façon dont le virus infecte, soit en augmentant sa transmission, son infectivité, ou en contournant notre système immunitaire. Cependant, pourquoi ne s’agit-il que de soupçons et il n’est pas clairement indiqué si ces variantes sont dangereuses ou non? Pourquoi mettent-ils si longtemps à dire quelque chose qui semble si évident? La réponse est que cela n’est pas dit parce que ce n’est vraiment pas clairement connu. Il est vrai que la science ne va pas toujours aussi vite que nous le souhaiterions, mais il est important de noter que ce n’est pas parce que quelque chose peut sembler évident que c’est vrai. Avant d’affirmer quelque chose, vous devez le vérifier. Jusqu’à présent, nous ne disposons que de données épidémiologiques où la croissance du nombre de cas infectés avec chaque variante au sein de la même population est comparée. C’est de là que viennent les gros titres disant que “la variante britannique pourrait être jusqu’à 70% plus contagieuse”. Cependant, si ces données permettent de soupçonner très clairement que certaines de ces variantes pourraient être mieux transmises, rien ne peut être conclu car ce ne sont que des estimations. Ces pourcentages pourraient être dus à d’autres raisons. Par exemple, aux événements de superpropagation ou à ces variantes qui poussent simplement un peu mieux que les précédentes et c’est pourquoi elles ont été imposées si clairement. Un exemple d’événement super répandu pourrait être un individu infecté par une nouvelle variante qui se rend à une fête ou à un concert où il n’utilise pas de mesures préventives, ou qui a simplement une grande vie sociale et ignore les recommandations. Par contre, un exemple de mutation qui confère au virus un certain avantage mais ne le fait pas nécessairement mieux transmettre est la mutation D614G. Cela est apparu en Europe en février 2020 et a fini par prévaloir dans le reste du monde en quelques mois. Jusqu’à présent, il existe des preuves de laboratoire que les virus porteurs de cette mutation pourraient être mieux transmis, mais ce n’est pas tout à fait clair. Korber et al / Cell Comment expliquer alors qu’il y ait tant de cas? Il peut arriver qu’un virus se développe mieux que d’autres dans les cellules, et donc sa séquence est imposée. Cependant, cela ne signifie pas toujours que vous devez augmenter votre transmission. Par conséquent, bien que tout indique que ces variantes peuvent être plus transmissibles que les précédentes, pour vraiment conclure quelque chose, des expériences contrôlées doivent être menées en laboratoire. Cela demande du temps et la résolution de certains problèmes qui apparaissent. Le défi de l’étude des variantes en laboratoire La première chose à faire est de voir comment les nouvelles variantes se développent en culture cellulaire par rapport aux anciennes. Cependant, cela pose un gros problème car le virus, en plus de muter lorsqu’il infecte des personnes, il mute également en laboratoire. Ils nous envoient un tube avec un peu de ces virus aux laboratoires. Afin de les étudier, vous devez d’abord les cultiver dans des cellules jusqu’à ce que vous en ayez assez pour faire des expériences. Le problème est que lorsqu’ils se multiplient, ils acquièrent généralement des mutations dans certaines régions de leur génome. En général, la partie du virus qui mute le plus lors de la réplication en laboratoire est la protéine S (la clé que le virus utilise pour pénétrer dans la cellule), qui est également le domaine où la plupart des nouveaux variants ont incorporé les mutations les plus intéressantes. . @microbioblog Par conséquent, ce n’est pas aussi facile que d’avoir le virus et de faire des expériences. Il faut d’abord le cultiver en quantité suffisante et s’assurer, à chaque étape, qu’il conserve les mutations d’origine et qu’en plus il n’en a pas incorporé de nouvelles. Une fois que nous avons le virus et que nous avons vu comment il se développe, la prochaine chose à faire est de faire des expériences pour étudier sa transmission en comparaison avec d’autres variantes. Pour cela, des modèles animaux sont utilisés, tels que des furets. Dans ces expériences, les animaux sont infectés et placés dans des cellules avec d’autres animaux non infectés pour voir s’il y a transmission directe ou non. De plus, les animaux sont placés dans d’autres cellules pour évaluer la transmission indirecte. Wikipédia De plus, il faut tenir compte du fait que l’effet des différentes mutations peut aller bien au-delà de l’augmentation de la transmissibilité du virus ou de sa létalité. Par exemple, une prépublication récente et très préliminaire (en attente d’un examen par les pairs) suggère que l’infection par le variant identifié au Royaume-Uni pourrait durer plus longtemps que les variantes précédentes et ainsi échapper aux quarantaines. Selon cette hypothèse, qui nécessitera davantage d’études pour la corroborer ou la rejeter, une solution pourrait être d’allonger ces délais. Manque de temps pour expérimenter En résumé, pour vraiment conclure si ces nouvelles variantes sont plus contagieuses ou non, il faut faire un certain nombre d’expériences en laboratoire et résoudre certains problèmes qui apparaissent, ce qui demande un certain temps. Enfin, il est important de noter que, bien qu’il n’y ait aucune preuve concluante que ces nouvelles variantes sont plus transmissibles ou mortelles que les précédentes, il est clair qu’elles font quelque chose. Ils représentent un vrai problème à affronter. Par conséquent, dans des cas comme ceux-ci, où la suspicion de transmission ultérieure est assez élevée, il est important de prendre des décisions même si elles sont préventives et de renforcer les mesures pour éviter de plus grands maux. Cet article a été initialement publié dans The Conversation. Lisez l’original. Les signataires ne sont ni salariés, ni consultants, ni ne possèdent d’actions, ni ne reçoivent de financement d’aucune entreprise ou organisation pouvant bénéficier de cet article, et ils ont déclaré manquer de liens pertinents au-delà du poste académique mentionné ci-dessus.